Có nhiều giả thiết về nguồn gốc, xuất xứ của Dịch Cân kinh. Một giả thiết do Kim Dung đưa ra là do Bồ đề đạt ma viết ra sau 9 năm quay mặt vào tường trên chùa Thiếu Lâm suy nghĩ, vào khoảng thế kỷ 6. Giả thiết khác cho rằng bộ sách xuất hiện đầu nhà Thanh.

Theo lưu truyền trong dân gian rằng "Dịch Cân Kinh" và "Tẩy tủy kinh" do Đạt Ma sáng tạo ra để những nhà sư rèn luyện tăng cường sức khỏe.